Quando si esportano immagini, è necessario essere consapevoli del fatto che la maggior parte dei formati immagine presenta dei limiti. Una limitazione delle immagini jpeg è che non supporta la trasparenza. Durante l'esportazione in jpeg, GIMP riempie le aree trasparenti con il colore di sfondo, che per impostazione predefinita è bianco.
Per risolvere questo problema, è necessario scegliere un formato di immagine diverso che supporti la trasparenza, come png o tiff.